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CNV4Sel

Du 01/01/2016 au 31/12/2018

Financé dans le cadre du métaprogramme SelGen d’INRAE, CNV4Sel a créé un réseau de scientifiques travaillant sur l’impact du CNV, le "Copy Number Variation" ou variabilité du nombre de copies d’un gène, en se basant à la fois sur des espèces animales (bovins, poulets, chèvres, moutons) et végétales (vignes, maïs, peuplier, blé). L’objectif : identifier, expérimenter et étudier les effets supposés des polymorphismes sur les caractères agronomiques.

Coordinateurs : Dominique Rocha (UMR1313, GABI) et Stéphane Nicolas (UMR0320, GQE)

CollGATE

Du 15/06/2016 au 14/06/2018

La plateforme URGI a coordonné un projet de collaboration IBISA pour mettre en place une communauté. Cette dernière a développé un logiciel de gestion locale des ressources génétiques dans les Centres de Ressources Biologiques Végétales (CRV), tout en progressant sur la gestion de données standardisées, en particulier des données phénotypiques.

Coordinatrice : Anne-Françoise Adam-Blondon, URGI

GANDALF

Le projet GANDALF (Génomique AND Adaptation for fungal LiFe) a rassemblé des scientifiques de différents laboratoires et institutions ayant une expertise reconnue à l’international en pathologie végétale, génomique, bioinformatique, génétique évolutive et modélisation. Le but : apporter de nouvelles connaissances sur le génome des champignons phytopathogènes.

Du 01/01/2013 au 31/12/2016

Coordinateur : François Delmotte

Partenaires :

- ESE, Paris-Orsay, Tatiana Giraud

- BGPI, Montpellier, Jean Carlier

- BIOGER, Paris-Grignon, Thierry Marcel

- SAVE, Bordeaux, François Delmotte

- IAM, Nancy, Fabien Halkett

- BIOGECO, Bordeaux, Cyril Dutech

- IRHS, Angers, Bruno Lecam

- URGI, Versailles, Joelle Amselem

- LIPM, Toulouse, Jérôme Gouzy

Epi-RNase

Du 01/01/2012 au 31/12/2015

Le rôle et la fonction des enzymes RNaseIII non caractérisés dans la régulation des petits ARN des plantes ont été examinés lors du projet Epi-RNase. Les résultats génétiques, moléculaires et bioinformatiques obtenus indiquent que les RTL1 et RTL2 d'Arabidopsis modulent une petite accumulation d'ARN. Par conséquent, la modulation de l'expression des enzymes RTL peut modifier l'épigénome.

Coordinateur : Hervé Vaucheret

Partenaires : Hervé Vaucheret (IJPB, Inra Versailles), Julio Sáez-Vásquez (LGDP, CNRS-UPVD Perpignan), Matthias Zytnicki (URGI, Inra Versailles)

Deux documents produits :

• Elvira-Matelot E, Hachet M, Shamandi N, Comella P, Saez-Vasquez J, Zytnicki M, Vaucheret H (2016). Arabidopsis RNASE THREE LIKE2 modulates the expression of protein-coding genes via 24-nt siRNA-directed DNA methylation. The Plant Cell, 28 (2): 406-425. PMID: 26764378;  DOI: www.plantcell.org/cgi/doi/10.1105/tpc.15.00540
• Shamandi N, Zytnicki M, Charbonnel C, Elvira-Matelot E, Bochnakian A, Comella P, Mallory AC, Lepère G, Sáez-Vásquez J, Vaucheret H (2015). Plants Encode a General siRNA Suppressor That Is Induced and Suppressed by Viruses. PLoS Biology, 13(12):e1002326. PMID:26696443 ; DOI: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.1002326

Siregal

Du 31/08/2005 au 31/12/2015

Siregal est un système d’information sur les ressources génétiques des plantes. Ce projet de l’Inra a pour but de construire et maintenir le système d’information en s’appuyant sur une base de données rassemblant des descriptions d’une cinquantaine d’espèces végétales intéressantes sur le plan agronomique. Siregal est intégré au GnpIS. Deux types principaux de données y sont stockés : des données décrivant les espèces végétales de manière générale (pays d’origine, statut biologique, taxonomie…) et des données plus spécifiques à chaque groupe d’espèces (morphologie, résistance aux maladies…).

Aujourd’hui, le site est disponible en ligne : il est possible de parcourir l’ensemble des informations. A l’avenir, des nouvelles données pourront être insérées, mises à jour, transférées vers des bases de données internationales comme GBIF and Eurisco. Un outil est en cours de développement pour permettre aux conservateurs de gérer leurs données. L’interface web sera enfin réécrite dans sa globalité avec un nouveau formulaire de requête plus en lien avec les autres thématiques.

Coordinatrices : Anne-Françoise Adam-Blondon (URGI), Sophie Durand

PAGE

Du 01/11/2011 au 31/10/2015

Au vue de l’augmentation permanente des capacités de séquençage au niveau mondial, le projet PAGE (Plant and Animal Genome Evolution) a pour ambition de développer des outils de traitement de grandes quantités de données provenant du séquençage des génomes. Pour cela, des outils de comparaison ont été mis au point afin de mieux comprendre l’évolution des génomes des plantes et des animaux (gènes et séquences répétés), ainsi que des outils favorisant le transfert d’informations de génomes séquencés à des génomes complexes (qui n’ont d'ailleurs pas encore été séquencés). Le programme PAGE a permis de suggérer que les plantes (angiospermes) modernes sont issues d’ancêtres constitués de 5 à 7 chromosomes ancestraux (10 000 gènes) et les animaux (précisément vertébrés) d’ancêtres constitués de 10 à 12 chromosomes (20 000 gènes). Ces espèces ont alors évolué par duplication spontanée de leurs génomes.

Coordinateur : Jérome Salse

Partenaires : le programme a impliqué six partenaires universitaires français d'INRAE (4 groupes de recherche) et du CNRS (2 groupes de recherche) reconnus - par leurs publications et leurs collaborations en cours - comme des pionniers et des groupes scientifiques majeurs dans le domaine de la génomique de l'évolution des plantes et des animaux.

- UMR 1095, groupe GDEC, Inra Clermont-Ferrand, Jérome Salse

- CNRS UMR8197, Groupe IBENS, Ecole Normale Supérieure, Paris, Hugues Roest Crollius

- UPR INRA 1164, Unité de Recherche en Génomique-Info (URGI), Inra Versailles, Hadi Quesneville

- Laboratoire de génétique cellulaire, Inra Toulouse, Thomas Faraut

- Laboratoire Génome et Développement des Plantes, CNRS Perpignan, Richard Cooke

- Centre National en Ressources Génomiques Végétales, Inra Toulouse, Hélène Bergès

 transPLANT

Du 01/11/2011 au 30/10/2015

La sécurité alimentaire et énergétique sont des défis majeurs aujourd’hui. La baisse des coûts du séquençage des nucléotides ouvre des possibilités d'amélioration des cultures par la sélection végétale ainsi qu’une meilleure compréhension de la biologie des plantes, notamment par l'interprétation du volume – toujours croissant – de données de génomique végétale dans le contexte du phénotype. Toutefois, en 2011, il n'existait pas d'infrastructure adéquate pour ces données : transPLANT en a développé une, en tirant parti de l'expérience de l'informatique médicale tout en abordant les défis et les possibilités spécifiques de la génomique végétale.

L’analyse des données des génomes des plantes est complexe. transPLANT développe des solutions grâce à l’expertise de ses partenaires afin de fournir à la communauté de recherche sur les plantes un ensemble homogène de services informatiques et interactifs.

transPLANT s'appuie sur des technologies standard pour l'échange et la représentation des données, la fourniture de services, l'infrastructure de calcul virtuel et le développement d'interfaces ; là où de telles normes font actuellement défaut (par exemple, pour la description des phénotypes), elles seront développées dans le cadre du projet.

Coordinateur : Paul Kersley

Partenaires : 

- European molecular biology laboratory, Allemagne

- Helmholtz Zentrum Muenchen Deutsches Forschungszentrum Fuer Gesundheit Und Umwelt Gmbh, Allemagne

- Gregor-Mendel-Institut Für Molekulare Pflanzenbiologie Gmbh, Autriche

- Leibniz - Institut Fuer Pflanzengenetik Und Kulturpflanzenforschung, Allemagne

- INRAE, France

- Instytut Genetyki Roslin Polskiej Akademi Nauk, Pologne

- Biogemma, France

- The Genome Analysis Centre, Royaume-Uni

- Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional De Supercomputacion, Espagne

- Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek, Pays-Bas

- Keygene Nv, Pays-bas

Publication : transPLANT Resources for Triticeae Genomic Data, Spannagl et al., The Plant Genome doi:10.3835/plantgenome2015.06.0038, https://www.animalsciencepublications.org/publications/tpg/articles/9/1/plantgenome2015.06.0038

Financement : La commision européenne finance ce projet dans le cadre de son 7e programme-cadre, dans le domaine thématique "Infrastructures", contrat numéro 283496.

GnpIS-Asso

Du 01/02/2011 au 28/02/2015

GnpIS-Asso est à la fois un nouvel outil de gestion des associations génétiques, un schéma de base de données, un nouveau formulaire de requête disponible au niveau mondial dans le système d’information GnpIS, un logiciel automatique permettant de soumettre et de charger des données et des formations. Ce projet a également permis une amélioration des outils Sniplay et ThaliaDB afin de se conformer aux normes GnpIS-GWAS.

GnpIS-Asso est utilisé pour les projets BreedWheat (blé), Amaizing (maïs), AKER (betterave), PeaMUST (petits pois), RapsoDyn (colza). De nouveaux développements sont prévus pour continuer le développement dans les mois à venir.

Laboratoire et entreprises, vous souhaitez utiliser ce logiciel ? Contactez Delphine Steinbach pour plus d’informations.

Coordinatrice : Delphine Steinbach

Partenaires :

• Laboratoires / Institutions

- Inra URGI Versailles (Bioinformatique) : Delphine Steinbach (coordinatrice du projet), Célia Michotey (CDD engagée : ingénieur logiciel, Raphaël Flores CDD engagé remplacé respectivement en 2013 par Guillaume Merceron et Btissam Aissaoui), 72 mois engagés au total

- UMR Inra Génétique végétale du Moulon (Bioinformatique, besoins des utilisateurs de maïs et expertise en GA) : Yannick De Oliveira, Stéphane Nicolas, Alain Charcosset, Guy-Ross Ella (CDD engagé 6 mois)

- UMR Inra URLEG Dijon (Besoins des utilisateurs de pois et expertise en GA) : Catherine Delaitre, Mathieu Signol

- UMR AGAP Inra TGU Montpellier (Bioinformatique, besoins des utilisateurs de la vigne et expertise en GA) : Patrice This

- IRD RPB Montpellier (Bioinformatique, besoins des utilisateurs de café) : Alexis Dereeper, Philippe Lashermes, Felix Homa (CDD engagé pour 6 mois)

• Entreprises

Biogemma Clermont-Ferrand (Bioinformatique, besoins des utilisateurs de maïs et expertise en GA) : Frédéric Sapet, Pierre Dubreuil, Clément Buet, Nathalie Rivière

Collaborateurs externes :

- Inra GDEC Clermont-Ferrand (Besoins des utilisateurs de blé et expertise en GA) : Jacques Legouis

- Inra GAFL Avignon (Besoins des utilisateurs de tomates et expertise en GA) : Mathilde Causse, Christopher Sauvage

- Inra Orléans (expertise du peuplier en GA) : Vincent Segura

Livrables : un banc d'essai complet pour gérer les études d'association génétique impliquant : GnpIS-Asso pour le stockage des données et l'exploration des données, Sniplay pour l'analyse GWAS, ThaliaDb pour les données gérées au niveau du laboratoire (avant, par exemple, la soumission au GnpIS). Il peut être utilisé en utilisant les 3 composants ensemble ou non selon les besoins. Chaque année, 3 versions de logiciel sont livrées pour GnpIS-Asso, et une session de formation est organisée pour obtenir des retours et l'améliorer.

Financement : ANR