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Localisée sur le site de Versailles du centre Versailles-Saclay, l’Unité de Recherche en Génomique-Info est rattachée au département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP) d’INRAE. En 2000, « Génoplante-Info » est une plateforme de bioinformatique des plantes créée dans le cadre du programme Génoplante. Ses principales missions étaient alors de gérer l’ensemble des données produites par les différents partenaires de ce programme, mais également assurer la traçabilité des échanges de données et d'outils entre les partenaires publics et privés, offrir des outils de recherche et d’analyse de données, et fournir des ressources informatiques permettant de travailler dans un environnement sécurisé et performant.

Comprendre la dynamique du génome

Les scientifiques travaillant à l’URGI se sont focalisés sur les éléments transposables et la répétition génétique qui, nous le savons aujourd’hui, permettent de comprendre l’évolution du génome et son fonctionnement. En effet, ils jouent un rôle majeur dans l’explication de la taille et de la structure du génome. Les éléments transposables, longtemps perçus comme des parasites intra-génomiques, sont aujourd’hui considérés comme étant l’origine de nombreuses constructions biologiques essentielles telles que le système immunitaire, les centromères, l'hétérochromatine ou les télomérases.

L’ensemble des connaissances et des données recueillies sont ajoutées à notre système d’information GnpIS, augmentant ainsi la valeur des données déposées. Les données étant toujours plus volumineuses et hétérogènes, l’URGI développe et teste différentes approches d’intégration de données, notamment grâce à des technologies et des index NoSQL. Le système de requête basé sur des technologies sémantiques est ainsi amélioré : la recherche de données est facilitée, et les données trouvées sont qualitatives. La méthodologie et les outils développés par cette activité de recherche sont accessibles aux utilisateurs de la plateforme soutenue par l'unité: PlantBioinfoPF.